抗日战争胜利后，“即从巴峡穿巫峡，便下襄阳向洛阳”是所有寓居蜀中的人的心境。林风眠抛弃了所有行李，只带几十公斤未托裱的画回到杭州。“雕栏玉砌应犹在，只是朱颜改”，改变的何止是朱颜旧居花园别墅已经变成日本人的兵营，院子中的花园变成日本人的马厩；他那曾经震动世界的几幅巨幅油画，被日本人用来做养马的帐篷，此时只能看到一些碎布屑，其他都荡然无存了。他把妻子阿丽丝、女儿林蒂娜从上海接到杭州，无处栖身，只好住在岳王庙里。林风眠去上海接妻子和女儿回杭州时，有一位中文名字叫马国维的男子住在他的家中。马国维是犹太人，当时遭纳粹分子迫害，就逃到上海，以牙科医生的职业谋生，和阿丽丝有亲戚关系。几年之后，马国维和林蒂娜结婚了。但是，林风眠很不喜欢马国维，并不赞成女儿和他结婚。待房子修好之后，他们全家搬入花园别墅旧居。花园别墅又恢复了昔日的幽雅，但别墅的主人已不是昔日风华正茂的最高美术学府的校长，而是一位孤独寂寞的画家。他仍超然尘外，埋头在他的创作中。
林风眠的绘画道路，正是但丁的道路。他的个人画史，就是一部《神曲》。1929年，他画了一幅轰动世界的油画《痛苦》。那时他不只画痛苦，也画地狱，画十字架上的耶稣。画家必须尝遍黑夜与创伤，才能把黑夜和痛苦搬到画面上。20年后，痛苦没有了，地狱、十字架没有了，成千上万个黑夜变成一片光明洁净。画家已通过但丁的地狱，到达净土，再升往天堂。画家终于找到他最后也最灿烂的风格，这是他牺牲了过去20年的光荣和地位，在寂寞与孤独中获得的。这时候，他刚好走完从东方到西方的路，返身由西方回到东方。
经过初期的翎毛、走兽、虫鱼，中期的山水风景，1944年开始进入人物画的林风眠，东归杭州后，更是勤奋不已。经过千百次的尝试，终于，第一张带有希腊风格的女像出现了。但是，他并不满意。希腊味有了，但不够浓厚，于是他继续画。他白天画，黑夜画，10张，100张，1000张……在画了几千张以后，他的“蓝衣女”“黑衣女”“绿衣女”以及“红衣女”相继出现了。这是一个现代奇迹，让我们又看到一个希腊，一个盛唐。这时，作家无名氏从重庆东归杭州，和林风眠做了邻居，经常出入林风眠的画室。他曾描述自己走进林风眠画室花园别墅时的心情：
我几乎不相信我的眼睛。当这个乖谬世界笼罩着如此普遍的黑暗与骚乱时，这个画室却洋溢着巨大的光彩、宁静。一种极度灿烂的美拥抱我的视觉，我发现了一个我从未认识的世界。但我错了。这个世界应该是我认识的这正是明天的世界。这并不是画，而是生命本体的象征，明日信仰感觉的源泉。画家先知先觉地预言了另一个世界，下一个世纪人类不再像今天这样自相残杀的世纪。
后来，又有几次，作家默默走进画室，奇迹同样出现了。作家发现两个黑衣女从画里走出来。她们再忍不住画纸的关闭，要向他飞过来，扑过来。另一张睡着的黑衣女，也在挣扎、张臂，要坐起来，踱到画外。那幅杰作《紅衣女》，简直以雷霆万钧的巨响包围着观者，一蓬红彤彤的大火，又热烈，又空灵。火是西方的，空灵是东方的。这是东西方美术最伟大的结合。画者第一次真正摆脱了水墨的束缚和压力，绝对自由地把心头最高灵感投射在画面上。
林风眠的风格形成了，他艺术中的鲜明个性，使他成为中国绘画发展史上一个分水岭中国画从此分为林风眠前的中国画和林风眠后的中国画。林风眠的水墨与色彩相融合的绘画形式，虽然不能说是中国画，它对中国画发展所产生的影响一时还难断定，但它使中国画再也不会回到文人画的老路上去，可以说今后的中国不可能再有传统的文人画了。
林风眠给我们创造了一种特殊的艺术情调，在孤寂中有热情，在壮美中有沉静，在萧瑟中透露出生的气息，在怀旧与向往的交织中，又似乎在思索着什么。这正是生活在历史峡谷中的人们极为复杂的情绪。有的人可以学他的色彩，有的人可以学他的线条，但很难把握他那微妙的艺术情调。